小龙虾的生理特性和对生态环境要求与鱼类不同，所以在疾病防治方面也有许多不同点，目前的防治原则还是以防为主，防重于治。
药物预防药物预防主要是做好消毒处理，采用生石灰等消毒剂，平时管理中应重点加强小龙虾活动区域的消毒处理，适当投喂药饵。药物使用应遵循以下原则；（1）缺氧时不用药。（2）一在晴天上午9-10时用药。（3）连续用药时间不宜太长，不能超过3天。（4）稻田养虾只在虾沟内用。
非药物预防小龙虾对渔药的抗耐性较差，所以生态防治方法尤为重要，尤其是鱼虾混养的池塘，平时运用有益的预防方法，不仅能减少开支，而且能提高产量。（1）改善栖息环境，加强水质管理。主要是清除池底过厚淤泥，勤换水，种植水生植物，使水体中的物质始终处于良性循环状态，不投喂腐败变质饲料，解决池水老化等问题。（2）水温25℃以上时，可以有选择地使用一些生物改良剂，使用方法可参照说明书，现在的生物改良剂很多，一般不会对小龙虾产生危害。另外也可以适当投放一些河蚌螺蛳调节水质，或者是鲢鳙鱼苗。（3）进排水口和池埂上要设网片，严防敌害生物进入，发现虾池中有乌鳢、鳜鱼、蛙、蟾蜍、水蛇、泥鳅、黄鳝、鼠等敌害生物时，要及时采取措施清除。
此外，在4月下旬左右，如发现养殖的小龙虾出现不摄食，反应迟钝，抗应激能力较弱，螯肢及附肢无力，血淋巴不易凝固，肝胰腺颜色淡黄，腹节肌肉苍白，头胸甲部位出现白斑等症状，则极有可能已感染白斑综合征病毒，需要及时加以控制，进行必要的隔离。
