引起仔猪腹泻的原因可分为传染性和非传染性的因素，而传染性腹泻主要由致病性细菌和病毒传染所引起。如仔猪黄痢、白痢、红利、黑痢、副伤寒、坏死性肠炎等菌为细菌性腹泻；病毒因素引起的腹泻主要有肠型猪瘟、传染性胃肠炎、流行性腹泻及轮状病毒病等。引起仔猪非感染性腹泻的原因有应激因素、管理因素、环境因素(温度及湿度)、母猪因素(泌乳过高或过低)等。其中应激因素包括断奶应激、换料应激、转群应激、热应激及密度应激等。
由于非感染性因素引起的仔猪腹泻的症状、流行特点及病理变化并不典型，对该病的诊断则主要根据饲养管理过程进行推测。下面主要阐述仔猪传染性腹泻病的鉴别诊断要点。
1.从流行病学方面来鉴别
1.1 仔猪从出生后到5日龄，尤其在3日龄之内容易发生仔猪黄痢或红痢，分别由大肠杆菌及C型产气荚膜杆菌(魏氏梭菌)引起，它们的流行没有季节性，头胎母猪所产仔猪易发生黄痢。这两种病的发病率及死亡率均很高。
1.2 在10日龄到20日龄之间的吮乳仔猪易发生白痢，该病也由致病性的大肠杆菌引起，发病率高但死亡率低，也没有明显的季节性，在猪舍潮湿、寒冷及饲料单一的条件下容易诱发。
1.3 发生在仔猪断奶前后的腹泻病主要为仔猪副伤寒，发病率及死亡率均很高。猪的密螺旋体主要发生在断奶后，发育生长的架子猪多发，发病率为90%左右，死亡率可达30%。
1.4 由病毒引起的腹泻一般无年龄之分，但发病的季节性比较明显，如传染性胃肠炎及流行性腹泻主要发生在寒冷季节，一般为10月底到来年2月份，夏季则少见。吮乳仔猪患此两病时，发病率及死亡率均很高。
2.从发病症状方面来鉴别
首先要对腹泻内容物的性状及颜色进行鉴别。仔猪发生白痢时，其排泄物为乳白色、灰黄色或浅黄色的糊状且较为粘稠的粪便。发生黑痢的仔猪则表现粘液性血样下痢，呈灰褐色水样。当粪便为粉红色或棕色，内含灰色坏死性碎片时，则为红痢的表现。在由病毒引起的传染性胃肠炎、流行性腹泻及轮状病毒病中，其排泄物一般为黄色、黄绿色水样物质。其次，根据体温变化来鉴别。在所有的仔猪腹泻病中，肠型猪瘟及仔猪副伤寒均会出现体温升高现象，在患其它类型的腹泻时，体温变化不明显。此外，一些腹泻病也伴发其它特征性的症状，如发生仔猪副伤寒时，耳根、胸前、腹下皮肤有紫红色斑点，肠型猪瘟时则表现寒颤、喜钻垫草及神经症状(痉挛、感觉过敏等)。由病毒引起的腹泻时，常呈喷射状腹泻，且脱水非常迅速。
3.从剖检变化方面来鉴别
在不同类型的腹泻病中，其剖检病理变化具有各自的特征。如在蓝耳病中可见到肠系膜淋巴结呈大理石样变，盲肠、结肠、回肠粘膜表面覆盖一层弥漫性、坏死性腐乳样物质，剥开后为不规则钮扣状溃疡。在发生肠型猪瘟时，几乎所有大的脏器(心、肝、脾、肾等)及淋巴结发生广泛出血。由病毒引起的几类严重脱水性腹泻病中，常可见到肠壁变薄、失去弹性、小肠绒毛萎缩、隐窝变浅或消失等病理现象。
