黄鳝全身只有一根脊椎骨，无肌间刺。腹腔膜褐黑色。肠短，无盘曲，短于体长，具肉食性鱼类相似特征。肠中段有一缩小处，将肠分为前肠和后肠。体内无鳔（即鱼泡），因而黄鳝不能像其它鱼一样停留在任意水层。黄鳝的鳃、口咽腔和皮肤都具有呼吸功能，可直接呼吸自然界的空气，因而可离水较长时间而不会死亡。黄鳝的鳃丝很短，在夏季等水温较高，黄鳝的代谢旺盛时，黄鳝常常将头伸出水面，张口吸入空气，依靠口咽腔直接进行呼吸；而黄鳝冬季低温冬眠时，则主要依靠皮肤进行微弱的呼吸。黄鳝的心脏离头部较远，约在鳃后5厘米处。