为了多收获种子，确保种子质量，除保证田间去杂去劣外，收获也是保证种子质量的关键。收获不当可能会使种子出现青籽、烂籽、扁籽、发芽率降低，影响种子质量。
1适期收获
俗话说“豆收摇铃响”。在大豆收获时，需在完全成熟后再收获。即95%的豆荚转为成熟荚色，豆粒呈现品种的本色及固有形状，手摇植株豆荚已开始有响声，豆叶已有四分之三脱落，茎秆转黄但仍有韧性，再过5-10个晴日豆粒含水份降到15%左右，而且豆荚与种粒间的白色薄膜已消失，在干旱年份就是大豆的最适宜收获时期。在成熟期多雨、低温情况下不落叶或落叶性不佳的品种，看豆荚的颜色及豆荚成熟情况而定。不炸荚的品种宜延后2-3天收获。
2脱粒技术
2.1大型机械脱粒
农场大面积繁种采用联合收割机边收边脱粒。要掌握好收割时间，宜在晴日上午9-11时，下午太阳就要落时收获。早收有露水，豆粒含水量大不易脱粒，晚收炸荚造成产量损失，并且割茬高度宜在5-6厘米左右为宜。
2.2机动车(四轮)脱粒
一般农民繁殖的大豆采用这种方法脱粒。在晒场上摊开豆垛，厚度不超过0.33米。摊开的豆秧一定要均匀，再用机车在豆秧上压，并用杈子上下翻秧，即可将豆荚压开使豆粒脱下。但要注意车轮不要太靠近周围边，以免豆秧较薄的地方烂籽。脱掉的豆籽及时晾晒，避免霉烂，影响发芽率。
2.3机械脱粒
用动力带动脱粒机脱粒。利用脱小麦的脱粒机收脱大豆，一定要把滚筒的转速降低到600转/分以下，通过更换成大皮带轮、滚筒轮，来实现降低转速。防止烂籽、扁籽，保证种子质量。
2.4人工脱粒
作为繁种来讲，这是一种较为理想的脱粒方法。减少了烂粒、扁粒的产生，种子外观及种子净度均较发。此方先把豆秧摊均匀晒干，用棍、棒棰打，使豆荚裂开而将籽粒脱出，这就达到了脱粒的目的。
